Das Programm besteht aus zwei wesentlichen Komponenten. In der Hauptkomponente MaNET sind alle Programmfunktionalitäten enthalten. Diese bestehen aus den Elementen ‚Konfiguration’, ‚Konstruktion’ und ‚Analyse’. Die Hauptkomponente ist also das eigentliche Programm für die Person, die eine Untersuchung mit MaNET durchführt.
In der Konfiguration wird die Domäne der Untersuchung definiert. Hier werden die Begriffe, die in den Netzen benutzt werden können definiert, deren Aussehen bestimmt und die zur Verfügung stehenden Relationen (Zusammenhangsarten, Verknüpfungen), die zwischen den Begriffen verwendet werden können definiert.
Im Element Konstruktion können anhand der vorgenommenen Konfiguration entsprechende Wissensrepräsentationen erstellt werden. Dies kann sowohl vom Versuchsleiter (Lehrer, Dozent) erfolgen, um eine Referenzstruktur zu erstellen, als auch von Versuchspartnern (Schüler, Studenten), um eigene Repräsentationen zu erstellen. Es bietet sich jedoch an, für die Versuchspartner die zweite Komponente der MaNET, die MaNET-TE (Testumgebung) zu nutzen, da diese alle Funktionen der Konstruktion beinhaltet, den Versuchsteilnehmern jedoch keinen Zugriff auf Konfiguration und Analyse ermöglicht. MaNET-TE kann im Rahmen einer Lizenzierung von MaNET ohne Zusatzkosten auf beliebig vielen Systemen installiert und genutzt werden.
Die Analyse als drittes Element ermöglicht die komfortable Betrachtung der erstellten Netze und die Berechnung von Indikatoren der jeweiligen Repräsentationen. Dies kann für individuelle Netze erfolgen und auch für Gruppen von Netzen. So können die Netze einzelner Versuchsteilnehmer betrachtet werden, aber auch die Netze ganzer Klassen oder Kurse. Gruppen von Netzen können aggregiert und zu einem ‚Netz des gemeinsamen Wissens’ zusammengefasst werden und die Analyseergebnisse zur weiteren Verwendung in anderen Anwendungen exportiert werden.